PythonでRのスクリプトを実行する

Raspberry Piに最新のR(3.5.2)をインストールするでRaspberry PiにRをインストールしたので、PythonからRを使ってみる。

PythonからRを使う方法としてはPypeRなどがあるらしいが、Rで検定を実行してその結果を表示するだけなら、Pythonのsubprocessモジュールでも十分。Pythonのsubprocessでコマンドを実行するのようにPythonからコマンドを実行できるので、RscriptをPythonから実行する。

環境

Raspberry PiとRaspbian Stretch with Desktop。
$ lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Raspbian Description: Raspbian GNU/Linux 9.6 (stretch) Release: 9.6 Codename: stretch $ python3 -V Python 3.5.3 $ R --version R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo" Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing Platform: armv7l-unknown-linux-gnueabihf (32-bit)

RスクリプトをPythonで実行する

Rスクリプトをコマンドラインで実行するにはRscriptコマンドを使う。このコマンドは引数を受け取れるので、PythonでRスクリプトファイルを作成して、引数を含めてsubprocessモジュールで実行する。

以下のコードでは、平均が異なる正規分布に従う値を10ずつ生成してt検定を行うRスクリプトファイルを作成し、Rscriptで実行した結果を表示する。

※Rスクリプトがエラーのときにメッセージを出力するようにコード変更（2019.2.11）

	import os
	import sys
	import subprocess
	import textwrap
	import random
	def create_rscript(rscript_path):
	"""Rスクリプトファイルの作成
	"""
	r_script = textwrap.dedent("""
	# コマンドラインの引数取得
	args1 <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)[0:10]
	args2 <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)[11:20]
	g1 <- as.numeric(args1)
	g2 <- as.numeric(args2)
	cat('g1=\n')
	g1
	summary(g1)
	cat('g2=\n')
	g2
	summary(g2)
	# t検定の結果出力
	t.test(g1, g2, var.equal=TRUE)
	""").strip()
	with open(rscript_path,'w') as f:
	f.write(r_script)
	def main():
	# Rスクリプトファイル名
	rscript_path = 'r_script.R'
	if not os.path.exists(rscript_path):
	create_rscript(rscript_path)
	else:
	print('{}と同名ファイルが存在します。'.format(rscript_path))
	sys.exit()
	# 平均が異なる正規分布に従う値を10ずつ生成
	# 値は文字列に変換しておく
	g1 = [str(random.normalvariate(0, 1)) for i in range(10)]
	g2 = [str(random.normalvariate(2, 1)) for i in range(10)]
	# --vanilla はRscript実行時に余計なオブジェクト等を読み込まないためのオプション
	cmd = ['Rscript', '--vanilla', rscript_path] + g1 + g2
	try:
	# check_outputでRスクリプトの実行結果を取得
	# 結果はバイト列だが、universal_newlines=Trueとするとエンコードされる
	res = subprocess.check_output(cmd, stderr=subprocess.STDOUT, universal_newlines=True)
	except subprocess.CalledProcessError as e:
	print(e.output)
	else:
	print(res)
	os.remove(rscript_path)
	if __name__ == '__main__':
	main()

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結果は以下の通り。
g1= [1] 0.5362420 0.9076155 0.8669404 0.7854252 -0.0402832 0.7736883 [7] 0.1422077 -0.4394270 -1.5471381 0.2457207 Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. -1.54714 0.00534 0.39098 0.22310 0.78249 0.90762 g2= [1] 1.178631 1.688101 2.748449 3.125478 1.366282 1.800813 2.291191 2.578756 [9] 2.612918 2.660056 Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 1.179 1.716 2.435 2.205 2.648 3.125 Two Sample t-test data: g1 and g2 t = -6.2329, df = 18, p-value = 7.019e-06 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: -2.650029 -1.313908 sample estimates: mean of x mean of y 0.2230992 2.2050676

関連リンク

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